生物肥料是含有大量有益微生物并以这些微生物的生物化学作用来改善作物营养和生长条件为主要功效的肥料。有益微生物主要有根瘤菌（生物固氮）、解磷菌（活化土壤中难溶性磷）、解钾菌，又名硅***细菌（分解、释放土壤中的矿物钾）、抗生菌，如“5406”（能抑制或杀灭有害***和细菌、刺激作物生长和活化土让难溶磷）和酵素菌（促进有机物转化）等。菌肥的实际肥效往往还与其中维持微生物生命活动的基质有关。

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